VITO, Energiebalans Vlaanderen, plusieurs années ; ICEDD, Energiebalans van het Brussels Hoofdstedelijk Gewest, plusieurs années ; ICEDD, Bilan énergétique de la Région wallonne, plusieurs années.

Contrairement au bilan énergétique fédéral, les bilans énergétiques régionaux sont, pour la plupart des secteurs, établis selon une approche bottom-up où les consommateurs sont interrogés à propos de leur consommation énergétique.

Pour le transport aérien, le VITO et l'ICEDD se basent sur les livraisons de carburant aux aéroports et à l'armée.

Pour le transport routier, les méthodes diffèrent selon le centre de recherche. Pour la Région de Bruxelles-Capitale et la Région wallonne, c'est une méthode top-down qui est utilisée : partant des ventes de carburants en 1990, les consommations pour les années suivantes sont calculées en appliquant le taux de croissance des ventes de carburant dans l'ensemble de la Belgique. En Région flamande, c'est le modèle d'émissions MIMOSA qui est utilisé. Ce dernier estime la consommation énergétique sur base de la composition du parc de véhicules, le nombre moyen de kilomètres parcourus par an et par type de véhicule et la consommation moyenne par type de véhicule.

Le VITO utilise le modèle EMMOSS pour le calcul des consommations énergétiques du transport ferroviaire et de la navigation intérieure en région flamande. Pour le transport ferroviaire en Régions bruxelloise et wallonne, l'ICEDD se base sur les chiffres de la SNCB, la STIB et le TEC. Pour la navigation intérieure dans ces Régions, la consommation énergétique est calculée, à partir du nombre de tonnes-kilomètres prestées et d'une consommation moyenne par tonne-kilomètre.

Dans le cadre de l'inventaire des émissions de gaz à effet de serre, ce sont les données de consommation énergétique régionales qui sont utilisées pour le calcul des émissions de CO₂ dues au transport, à l'exception du transport routier.

Les bilans énergétiques régionaux sont calculés selon une approche de type bottom-up, tandis que le bilan énergétique fédéral l'est selon une approche de type top-down. Les livraisons de carburant au secteur transport, dans le bilan énergétique fédéral, ne sont pas égales à la somme des consommations de ce secteur rapportées dans les trois bilans énergétiques régionaux.

De plus, les définitions données aux différentes branches de transport ne coïncident pas toujours. Ainsi, dans le bilan énergétique fédéral, les livraisons destinées à la navigation côtière sont reprises sous la rubrique ''navigation intérieure'' et la consommation électrique des sociétés de transport public STIB, De Lijn et TEC pour les trams et métros ne sont pas rapportées.